Aunque los orígenes más lejanos de la Academia Colombiana de  Ciencias Exactas, físicas y Naturales se remontan al Gobierno del General Francisco  de Paula Santander quien fundó en 1826 la Academia Nacional de Colombia, ésta y otra iniciativas precursoras solo culminaron con el reconocimiento, mediante la ley 34 de 1933 de la Academia de Ciencias Exacta, Físicas y Naturales de Colombia, como organismo consultor del Gobierno Nacional en asuntos relacionados con la Ciencia. Por medio del Decreto 1218 del 28 de mayo de 1936 se reglamentó la mencionada ley y en julio de 1937 se inauguró oficialmente la Academia siendo presidente de la República Alfonso López Pumarejo.

El Académico Honorario Santiago Díaz Piedrahíta publicó en el año 2012 la historia completa de la Academia en el artículo titulado “Antecedentes de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales” (en: Forero González, Enrique y Díaz Piedrahíta, Santiago 2012. La Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales en los albores del siglo XXI. Vol. 1: 14-44. Edición especial de la Academia).