La Junta Directiva ha establecido recientemente varias Comisiones Temáticas Permanentes. Cada Comisión es libre de invitar a trabajar a cualquier académico. Así mismo, los académicos están invitados a incorporarse a la comisión que deseen.

Nota de la Redacción:

La Junta Directiva (2013-2016) y los coordinadores de las diferentes Comisiones están analizando la posibilidad de reestructurarlas para hacerlas más interdisciplinarias y acordes con las necesidades actuales del país.Se ha pensado en crear una Comisión de Gestión de Riesgos y otra de Historia de la Ciencia.

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Comisión temática de Biología y Ciencias Ambientales (2011)

Dña. Elizabeth Castañeda, Dña. Clara Chamorro, Dña. Elizabeth Hodson, Dña. Helena Groot, Dña. Paulina Muñoz, Dña. Margarita Perea, Dña. María Cristina Robayo, Dña. Martha Rocha de Campos, D. Gonzalo Andrade, D. Alberto Cadena, D. Julio Carrizosa, D. Juan Manuel Díaz, D. Santiago Díaz, D. Hernando Dueñas, D. Enrique Forero (Secretario), D. John Lynch, D. Alberto Morales, D. Orlando Rangel y D. Gary Stiles

Comisión temática permanente de Química (2011)

D. Juan Martínez (Coordinador), Da. Inés Bernal de Ramírez, Da. Carmenza Duque, D. Edgar Páez, D. Jose María Rincón, Da. Myriam Sánchez de Gómez, Da. Elena Stashenko, D. José Luis Villaveces y D. Fabio Zuluaga

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Comisión temática permanente de Matemáticas y Estadística (2012)

D. Xavier Caicedo (Coordinador), D. Victor Albis, D. Jaime Lesmes, D. Jorge Martínez

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Comisión temática permanente de Física (2012)

Dña. Ángela Camacho (Coordinadora), D. Bernardo Gómez, Eduardo Posada, D. Jaime Rodríguez Lara, D. Enrique Vera

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Comisión temática permanente de Ciencias de la Tierra (2012)
(incluye Oceanógrafos y Meteorólogos)

D. Carlos Alberto Vargas (Coordinador), D. Armando Espinosa, D. José A. Lozano, D. Fabio Cediel, D. Carlos Jaramillo, D. Michel Hermelin, D. Jairo Mojica, D. Hernando Dueñas.

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Comisión de Coordinadores de Comisiones (2013)

D. Enrique Forero (biología), D. Juan Martínez (química), D. Xavier Caicedo (matemáticas), Dña. Ángela Camacho (física), D. Carlos Alberto Vargas (geología), D. Armando Espinosa (riesgo, historia), D. Gonzalo Andrade (parques), D. Pablo Abad (divulgación), Dña. Inés Bernal de Ramírez (educación).