Acoplamiento inverso y mapeo de farmacóforo como herramientas para encontrar nuevos blancos farmacológicos de compuestos naturales / Wilson Maldonado Rojas, Katia Noguera Oviedo, Jesús OliveroVerbel

RESUMEN
Maldonado Rojas W., K. Noguera Oviedo, J. Olivero Verbel: Acoplamiento inverso y mapeo de farmacóforo como herramientas para encontrar nuevos blancos farmacológicos de compuestos naturales. Rev. Acad. Colomb. Cienc. 36 (140): 411-420, 2012. ISSN 0370-3908.

El resurgimiento de los productos naturales en el ámbito del descubrimiento de fármacos tiene su base en la introducción de nuevos enfoques, tecnologías y metodologías, incluyendo el diseño de moléculas bioactivas asistido por ordenador. Los servidores TarFisDock y PharmMapper son herramientas computacionales empleadas
para la búsqueda de potenciales blancos farmacológicos para ligandos orgánicos. Este trabajo muestra un ejemplo de aplicación de estos servidores. Los resultados obtenidos sugirieron que moléculas de origen natural, tales como la ascididemina (Didemnum sp. Tunicado), el peyssonol B (Peyssonnelia sp), el ácido asiático (Centella asiatica) y el ácido docosahexaenoico (aceite de pescado), tienen como blancos la dihidroorotato deshidrogenasa, la mieloperoxidasa, el receptor beta del ácido retinoico, y la aldosa reductasa, respectivamente. Estas proteínas han sido relacionadas con diversas enfermedades y ofrecen una explicación teórica de algunos de los efectos benéficos reportados para las moléculas evaluadas.
Palabras clave: AutoDock Vina, productos naturales, PharmMapper, farmacóforo, TarFisDock, acoplamiento molecular.

ABSTRACT

The resurgence of natural products on the drug discovery scene has its basis on the introduction of new approaches, technologies and methodologies, including the computer-aided design of bioactive molecules. TarFisDock and PharmMapper severs are computational tools employed for the search of potential drug targets for organic ligands. This work shows an example of application for these servers. The obtained results suggested that nature-derived molecules, such as ascididemine (Didemnum sp. Tunicado), peyssonol B (Peyssonnelia sp), asiatic acid (Centella asiatica) and the docosahexaenoic acid (fish oil), have as targets the dihydroorotate dehydrogenase, myeloperoxidase, retinoic acid receptor beta, and aldose reductase, respectivaley. These proteins have been related to diverse diseases and offer a theoretical explanation for some of the beneficial effects reported for evaluated molecules.

Keywords: AutoDock Vina, natural products, PharmMapper, pharmacophore, TarFisDock, Molecular docking.