La orden de RasMol "colour" permite dar un color especificado a diferentes objetos (como átomos, enlaces y segmentos de cinta). Habitualmente este color es el nombre de color predefinido o un triplete RGB (RGB = Red (rojo), Green (verde), Blue (azul).

Los nombres predefinidos de color, con sus correspondientes Tripletes RGB son:
 
 

Amino Colours
 

El esquema de color RasMol "amino" colorea los aminoácidos de acuerdo con las propiedades tradicionales de éstos. Los colores sirven para identificar los aminoácidos en un ambiente inusual o "sorprendente". Las partes externas de una proteína que son polares son colores visibles (brillantes) y los residuos no polares, más oscuros. La mayoría de los colores son normalmente adscritos por tradición.

Este esquema de color es parecido al esquema "shapely".
 
 
 

Chain Colours
 

El esquema de color de RasMol "chain" asigna a cada cadena macromolecular un color único. Este esquema es particularmente útil para distinguir partes de una estructura multimérica o cada "tira" de una cadena de DNA.
 
 
 

CPK Colours
 

El esquema de color de RasMol "cpk" se basa en los colores de los populares modelos de bolas desarrollados por Corey, Pauling y mas tarde mejorado por Kultun, según este esquema los objetos átomo son coloreados por tipo, este esquema es convencionalmente usado por los químicos.
 
 
 

Group Colours
 

El esquema de color "group" colorea los residuos de acuerdo con su posición en una cadena macromolecular. Cada una de las cadenas aparece como un espectro desde el azul al rojo pasando por el verde, el amarillo y el naranja. Por tanto, el extremo N de la proteína y el 5' del ácido nucleico serán azules y los extremos C de la proteína y 3' del ácido nucléico rojos.

Cuando RasMol colorea por grupo decide el rango de colores a usar a partir de los números de los residuos en la PDB. El residuo de número menor será azul, y el de mas alto rojo. Es necesario tener en cuenta, que si una proteína contiene un gran número de heteroátomos, por ejemplo aguas, estos ocuparan los más altos de los residuos numéricos, y por tanto los colores más próximos al rojo, y la proteína se visualiza en la zona verde-azul,  la solución es usar la orden "set hetero off" antes de aplicar este esquema de colores.

El mismo efecto puede lograrse desactivando la opción "Heteroatoms" el en menú Options antes de seleccionar Group en el menú de Colour. Esta orden instruye a RasMol para usar solo residuos "no hetero" en la escala de colores de grupo.
 
 
 

Shapely Colours
 

El esquema de color "shapely" colorea los residuos de acuerdo con las propiedades del aminoácido. Este esquema se basa en los "Shapely Models" de Bob Fletterick. A cada aminoácido y ácido nucléico se le asigna un único color. El programa Raster3D de David Bacon también utiliza este esquema shapely. Es parecido al esquema de color amino.
 
 
 

Structure Colours
 

El esquema de color "structure" colorea la molécula de acuerdo con la estructura secundaria de la proteína. Las hélices alfas aparecen en magenta [240,0,128], las hoja plegadas beta en amarillo [255,255,0], los giros en azul claro [96,128,255], y el resto de los residuos en blanco. La estructura secundaria es leída tanto desde el fichero PDB (registros HELIX (hélice) y SHEET (hoja plegada)), si está disponible, o es determinada a través del algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. La orden de RasMol "structure" se puede utilizar para forzar el uso de la asignación de estructura DSSP.
 
 
 

Temperature Colours
 

El esquema de color RasMol "temperature" colorea los códigos de cada átomo de acuerdo con el valor de temperatura anisótropo (beta) almacenado en el fichero PDB. Normalmente, proporciona una medida aproximada de la movilidad/incertidumbre de la posición de un átomo determinado. Los valores más altos aparecen en colores más cálidos (rojo) y los más bajos en colores más fríos (blue). Este aspecto sirve a menudo para asociar un valor "scale" (tales como la variabilidad de los aminoácidos en las mutantes víricas) a cada átomo de un fichero PDB y colorea la molécula apropiadamente. La diferencia entre los esquemas de colores "temperature" y "charge" consiste en que los valores de temperatura que aumentan van desde el azul al rojo; mientras que los valores de carga en aumento del rojo al azul.
 
 
 

Charge Colours

El esquema de colores de RasMol "charge" (carga) codifica cada átomo de acuerdo con el valor de carga almacenado en el fichero de entrada (o campo factor beta de los archivos PDB). Los valores altos se colorean en azul (positivos) y los bajos en rojo (negativos). Más que usar una escala fija este esquema determina unos valores máximos y mínimos del campo carga/temperatura e interpola apropiadamente desde el rojo al azul. Así el verde significa "sin carga neta".

La diferencia entre los esquemas de color "charge" y "temperature" (temperatura) es que al incrementar los valores de temperatura se va de azul a rojo, mientras que incrementar carga va de rojo a azul. Si los campos de carga/temperatura almacenados tienen valores razonables es posible usar la orden de RasMol "colour dots potential" para colorear una superficie de puntos (generados por la orden dots) en función a su potencial electrostático.
 
 
 

User Colours
 

El esquema de colores "user" (usuario) de RasMol permite a este programa usar el esquema de colores almacenado en el fichero PDB. El color de cada átomo esta guardado en los registros COLO del archivo de datos PDB. Esta convención fue introducida por el programa de David Bacon Raster3D. Si desea usar un esquema de colores definido por usted mismo, resulta mas fácil construir un corto script (guión, véase el correspondiente apartado) que insertar los valores en el fichero PDB. El script tiene también la ventaja de que puede llamarse para cualquier molécula visualizada.
 
 
 

HBond Type Colours
 

El esquema de colores "type" (tipo) de RasMol es aplicable solo a enlaces por puente de hidrogeno, así se usa en el comando "colour hbonds type". Este esquema de colores codifica cada enlace de acuerdo con la distancia entre aceptor y dador de hidrógeno. Este tipo de esquema de colores fue introducido por Belhadj-Mostefa y Milner-White. Esta representación da una buena visión de la estructura secundaria de la proteína (los puentes de hidrógeno que forman alfa hélices aparecen rojos, los que forman hojas se visualizan amarillos y los de los giros magenta).
 
 
 

Potential Colours
 

El  esquema de color de "potential" (potencial) es aplicable solo a superficies de puntos, y así es usado en la orden "colour dots potential", este esquema de colores visualiza cada concurrencia como el potencial electrostático en un punto dado del espacio. Este potencial se calcula usando las Leyes de Coulomb tomando el campo temperatura/carga del fichero de entrada, como la carga asociada a un átomo.
 
 
 

Esta es la misma interpretación usada por la orden "colour charge". Como en el esquema de color de carga charge los valores bajos son azul/blanco y los altos rojos. La tabla que sigue muestra las asignaciones estáticas de colores para un valor dieléctrico constante de 10.
 

RasMol y Chime