Propiedades de los Archivos PDBs

Los archivos de coordenadas moleculares contienen información precisa sobre la estructura tridimensional de una molécula. Estos archivos son de acceso público y pueden conseguirse en diferentes sitios a través del WEB, uno de sitios más utilizados es el Protein Data Bank (PDB) : www.pdb.bnl.gov/pdb-bin/pdblite.htmówww.rcsb.org.

En él se encuentran los archivos de coordenadas moleculares para la mayoría de moléculas cuya estructura terciaria ha sido dilucidada por las técnicas de Difracción de Rayos X  y Resonancia Magnética Nuclear, como también los archivos de coordenadas construidos mediante la aplicación de modelos matemáticos.
 

Líneas de un PDB

La información de un archivo PDB se encuentra distribuida en diferentes líneas ó encabezados que contienen propiedades particulares de la molécula, estas líneas son:

 

HEADER	Nombre y fecha de creación del archivo PDB.
COMPND	Nombre de la molécula.
SOURCE	Organismo del que se obtuvo la proteína.
AUTHOR	Lista de los Autores que proporcionaron la estructura molecular al PDB
REVDAT	Datos de revisión de la estructura de la proteína.
REMARK	Comentarios en relación a los artículos en donde se publicó la estructura molecular o sobre las características de la molécula.
SPRSDE	Lista de archivos de coordenadas para la misma estructura.
SEQRES	Secuencia de los aminoácidos de la proteína.
FTNOTE	Notas de pie de página. No todos los archivos lo tienen.
HET &  FORMUL	Lista de cofactores, grupos prostéticos, inhibidores y otras sustancias no proteicas presentes.
HELIX, SHEET & TURN	Lista de los residuos con estructura secundaría en la proteína.
CRYST1, ORIG & SCALE	Información general sobre los cristales con los que se obtuvo la estructura por Rayos X
ATOM & HETATM	Contiene la información de la posición espacial en los ejes X,Y y Z de cada uno de los átomos, especificando el residuo y la cadena.
CONECT	Enlaces formados entre los átomos no proteicos presentes en el PDB.
MASTER & END	Indican la finalización del archivo.

Las líneas ATOM, se tienen la siguiente estructura :
 
 

• El número secuencial del átomo dentro del archivo. (29)

• El tipo de átomo (CA):

• Nombre del residuo, código de tres letras (PRO)

• Número del residuo y cadena (A-5).

• Coordenadas en angstróms del átomo en los ejes X, Y y Z de la celda unitaria. (-2.551 -37.351   4.539)

• Ocupancia : Fracción de la celda unitaria que contiene el átomo en una ubicación particular. Usualmente este valor es de 1.00

• Factor de temperatura : es una indicativo de la incertidumbre de la posición del átomo debido al desorden por las vibraciones térmicas. (0.00).

• El código de identificación ID del archivo PDB. (1CLG).

Esta información puede leerse con un editor de texto normal como Word o el Bloc de Notas. es importante tener en cuenta que al cambiar alguno de estos parámetros se afecta la estructura molecular en conjunto, por ello, de ser necesario, los cambios realizados deben guardarse con un nombre distinto al código de identificación ID asignado por el PDB.